Met ingang van de nieuwe Wet toezicht per 1 juli 2013 is het CvTA geen klachtorgaan van de collectieve beheersorganisaties. Klachten dienen bij deze organisaties te worden ingediend. Wel ziet het CvTA erop toe dat deze organisaties een deugdelijke klachten- en geschillenregeling voor rechthebbenden hebben. Verder kunnen belanghebbenden het CvTA wel wijzen op mogelijke inbreuken op de vereisten waaraan de collectieve beheersorganisaties moeten voldoen.
Voor specifieke klachten van gebruikers en betalingsplichtigen tegen de hoogte van tarieven of vergoedingen heeft het Ministerie van Veiligheid en Justitie de Geschillencommissie Auteursrechten Zakelijk aangewezen. Deze valt onder de Stichting Geschillencommissie Beroep en Bedrijf.
Tegen het CvTA kunnen zelf ook klachten worden ingediend. Mits voldaan aan een aantal voorwaarden zal het CvTA de klacht binnen 6 weken behandelen. Tegen het besluit van het CvTA op de klacht is geen beroep bij de bestuursrechter mogelijk, maar dient de klager zich te wenden tot de Ombudsman.